Oddelek za sanitarno mikrobiologijo ima v svoji sestavi tri laboratorije: za mikrobiologijo vod, za mikrobiologijo živil ter za mikrobiološko kontrolo higiene delovnega okolja.
Laboratorijske preiskave se večinoma opravljajo na podlagi zahtev veljavnih predpisov oziroma z namenom ugotavljanja skladnosti vzorcev s temi zahtevami.
Delo vseh treh laboratorijev je strokovno prepleteno med seboj in povezano z ostalimi oddelki ZZV Koper – s ciljem doseganja najvišje možne strokovnosti in kakovosti.