Osnova za kvalitetno mikrobiološko preiskavo (približno 60% preiskave) je pravilen odvzem in transport vzorcev v mikrobiološki laboratorij. Kvalitetni vzorec omogoča kvalitetno izvajanje mikrobioloških preiskav, ustrezno rast mikroorganizmov, morebitnih povzročiteljev okužb, ustrezno vrednotenje in razlago rezultatov. Nepravilni odvzem in transport kužnin lahko vodi do zavajajočih rezultatov preiskav in s tem v nepravilno zdravljenje bolnikov in pogosto rast stroškov zdravljenja.
V spodnji povezavi opisujemo splošne kriterije, ki morajo biti izpolnjeni, da lahko poslani vzorec sprejmemo v postopek mikrobiološke preiskave. Vzorci, ki opisanim kriterijem sicer ne ustrezajo, a so po presoji mikrobiologa še sprejemljivi za preiskavo, se po predhodnem posvetovanju z zdravnikom, naročnikom preiskave lahko mikrobiološko pregledajo. Vzorci, ki ne ustrezajo kriterijem – z oznako nesprejemljivo, se ne morejo sprejeti v preiskavo.V odgovoru naročniku zapišemo vzrok zavrnitve vzorca.