Cilj oddelkov je strokovno izvajati in slediti analizam v okolju in prostoru.
Dejavnosti laboratorijev lahko razdelimo na posamezna področja, ki se znotraj posameznih oddelkov delijo še na specializirane podenote oz. laboratorije:
ODDELEK ZA MEDICINSKO MIKROBILOLOGIJO:
enota za gojišča in sterilizacijo, enota 02 – klinična mikrobilologija, enota 03 – koprokulture in paraziti, enota 04 – bolnišična higiena, enota 05- imunologija,
ODDELEK ZA SANITARNO MIKROBIOLOGIJO:
laboratorij za mikrobilologija živil, labolatorij za mikrobilologija vod, laboratorij za mikrob. kontrolo higiene del. okolja
ODDELEK ZA SANITARNO KEMIJO:
enota za pitne in površinske vode, enota za odpadne vode in druge ekološke vzorce, enota za meritve hrupa, enota za koplane vode, enota za živila.